中央“三法司”
清朝沿袭明制，中央司法机关是刑部，大理寺和都察院。刑部主要执掌全国法律刑名，管理地方上诉案件，审核地方上报的重案和发生在京师的徒以上案件，并审理中央官吏违法的案件。但刑部仅有权决定流刑以下案件，并受“三法司”的复核和监督。大理寺主要执掌案件的复审，并在会审时参与对死刑案件的审核。都察院主要执掌司法监察，除监督其他司法机关的审判活动并参与会审外，还可以受理官民冤案，大事奏请皇帝裁定，小事立予昭雪。清朝的司法监察权进一步集中，将原来独立的六科给事中监察系统合并于都察院，六科给事中和十五道监察御史合称“科道”，实行科道合一制。
地方司法机关
清代京师地方司法机构主要是五城察院。京师分为东西南北中五城，每城设一衙门，掌治安。五城察院审理管界内发生的户婚、田土、钱债、斗讼等案件。
清朝在地方上以州县为第一审级，有权决定笞、杖、徒刑案件。徒刑以上转呈上报决定。府为第二审级，受理县上报的徒以上案件。省按察使为第三审级，专管一省刑名按劾之事，是督府的下属机构。总督，巡抚是第四审级，也是地方最高审级，简称“督抚”。主要审核按察使司判决的案件，并有权审判犯罪的地方官吏。
审理满人案件的司法机关
清朝一般司法机关无权审理满人案件，而由特殊的司法机关负责审理，满族宗室刑名案由宗人府审理，内务府所管辖的满人条件，由内务府慎刑司审理，京师地区普通满人的诉讼由步军统领衙门审理。外省满人诉讼，由满州将军和副都统审理。
理藩院
理藩院的主要下属机构有六个司，分门别类，各司其职。主要负责上述边疆地区的爵禄、会盟、诉讼、赈济、驿站、游牧、射猎、征发、贡纳、朝觐、喇嘛、翻译等事项，还兼管对俄交涉等外交事务。
六司编制与六部基本相同，有尚书、左右侍郎，所属各司长官为郎中，副长官为员外郎，并有属员若干。官员全由满族、蒙古族人担任。
清朝政府为了加强对少数民族的司法管辖，设立了理藩院，作为朝廷统治各少数民族的重要机关。少数民族地区判决的重大案件，均须由理藩院审核，方能生效。但理藩院受理的案件如罪至发遣，则须会同刑部裁决。死罪要经“三法司”会审定案。
理藩院的设置，加强了清朝政府对边疆地区少数民族的管治，促进了清代多民族统一国家的发展和巩固，还在不同程度上促进了西、北边疆少数民族地区与中原内地的经济文化交流。
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