明代科举舞弊花样繁多，超过以往任何一朝。像是利用请托以通关节、 鬻卖考题、怀挟倩代、割卷传递、顶名冒籍等行为，都是考场上的常见作弊行径。明代惩罚考试作弊的法令和措施主要有两种情形，首先是国家的法令；其次是对某次作弊皇帝发布的命令等。早在洪武五年，太祖曾说，如果举人们没有考中是被主管的官吏所取消，大多是因为他们不反省自己，选取琐事来加以诽谤，以此泄私愤，这是犯罪的行为。在洪武七年，对不遵守搜索检查规定的人，规定他们依照前例在考场前面戴一个月枷号，到了日期的就定罪，贬为平民。科举惩弊的具体内容集中体现在：
（一）对贿买关节的惩治
万历年间曾有规定，若有行贿受贿的行为，并且罪名属实的，应当从重处罚。比如说，万历十四年对科举考试受贿的主考官员处以革职察看，对有行贿行为的人大多取消他们的考试资格，或者罢为庶民。
（二）对科举倩代行为的惩处规定
例如，万历四十四年，姚永济、朱楷等官员都上书说，沈同和这个人不识字，他的试卷都是带小抄的赵鸣阳替他写的，请求对此人重新测试。”最后果然测出沈同和答非所问，于是“上下法司议罪，同和遣戍，赵鸣阳杖责除名。”
（三）对割卷换代的惩治办法
正德十年皇帝颁布法令，对割榜并且私自交换试卷的人，御史要专门纠察，不能像从前那样没有秩序。如果违反之前的规定，或放纵这种事情的发生，要听从考官据实上报，二司互相监督，吏部严以暗访看察，罢免这种官员以示惩戒。此时加强了官吏此种行为的处罚，处以降级或罢免。举重以明轻，对串通的考生也处以相应的惩罚，例如曾对考生处以枷刑示众。
（四）对怀挟传递者的惩治条令
比如说，弘治十三年，前来应试的生儒、举人以及监生，只要有私自携带资料或者银两，而且翻越监舍跟别人交换试卷的行为，都治罪并且充吏。假设是官员做出这种行径，就发为民。帮助这些人并且受财代替夹带传递的人，那些纵容不举察的人，罚去戍边，官员罚俸一年。嘉靖四十四年时，皇帝准许如果有上述行为，就枷号一月，发回充吏，满日贬为民，对监察不力的官员，要罚俸一年。从弘治时期到嘉靖年间的相关规定中可以看出，对怀挟的惩罚力度在逐步加大。
（五）对冒籍者的惩处措施
《大明会典》有记载，“弘治七年，令应举生儒人等，不许未熟三场初学之士，及外处人冒滥入试，亦不许重冒古今显者姓名，有即改正。”万历年间皇帝曾下令：“以后务分别侨旧，不许循情隐蔽，致伤风化。有逾前弊，许诸生人等即时讦奏，重治不宥。”这里强调要从重惩处，也就是跟之前相似的发回原籍、废去在这之前早就拥有的功名，以及对考官的任职予以罢免等做法。可见，对冒籍生员的处罚也在逐步加重。总之，对于冒籍这种舞弊行为的惩治，明代所施加的处罚相是比较轻缓的。
以上是明代惩罚科举主要舞弊行为的规定，然而科举舞弊行为不断“推陈出新”，因此它所表现出来的形式要比上述内容更加广泛，并且相关惩罚的规定也在不断更新。明代惩罚舞弊的许多内容在当时科举制度中具有积极的意义，在它的实际运行中具有纠偏补过的现实作用，即体现公平在科举考试中的重要地位，而且将客观性和真实性作为最高衡量标准。
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